Сериал «Шифр» завершился напряжённым и драматическим финалом, который подвел черту под историями главных героинь, шифровальщиц времён войны, так и не сумевших полностью адаптироваться к мирной жизни. Финальные серии показали, как прошлое и нераскрытые тайны продолжают преследовать их, превращая жизнь в череду сложных расследований и моральных выборов.
В 4 сезоне героини вновь оказались вовлечены в сложное расследование, начавшееся с трагической гибели Полины Никитиной. Оказалось, что девушка была сбита машиной, которая принадлежала актёру Карпиловскому, однако его алиби быстро вывело его из круга подозреваемых. Найденные на месте преступления улики — обломок ногтя с ярким лаком и следы на капоте — привели к неожиданному выводу: преступление могла совершить женщина. Параллельно выяснилось, что Полина недавно обзавелась новым кругом общения, включавшим местных «стиляг», среди которых находился её загадочный ухажёр.
Ирина и её подруги, используя свои аналитические навыки и опыт работы в спецслужбах, начали раскручивать клубок событий. Им удалось выйти на след молодого человека по фамилии Кулагин, который, как оказалось, состоял в отношениях с Полиной. Однако, когда они добрались до него, было уже поздно — Кулагин был мёртв. Его безответная возлюбленная рассказала, что он предупреждал о том, что кто-то из его друзей может быть опасен. Это навело подруг на мысль о том, что смерть Полины и Кулагина связаны, а виновного нужно искать среди их окружения.
Расследование привело героинь к девушке по имени Вера Нестерова, которая призналась, что убила Полину из-за ревности к своему возлюбленному Боброву, а затем и самого Кулагина, который начал что-то подозревать. Однако подруги не поверили в то, что она действовала одна, и начали подозревать Боброва в соучастии. Они предприняли попытку доказать его вину, но в команде начались разногласия. Аня, возмущённая несправедливостью и готовая пойти на крайние меры, рассказала Никитину, что именно Бобров изнасиловал его дочь. Это привело к трагедии: Никитин не выдержал и застрелил Боброва прямо в зале суда.
Финал сезона ознаменовался тем, что генерал Феофанов признал профессионализм команды шифровальщиц, предложив им продолжить работу в аналитическом отделе МВД. Однако после трагических событий Аня решила уйти из службы, а за ней последовали Ирина и Соня. Катерина осталась в раздумьях, понимая, что уход из МВД может означать конец их дружбы и совместных дел.
