Сюжет сериала «Время прощать» разворачивается вокруг жизни семьи Бажовых. Екатерина и Алексей Бажовы, живущие в элитном поселке с сыном Игорем, на первый взгляд кажутся успешной и счастливой семьей. Однако за внешним благополучием скрывается множество проблем. Алексей отстраняется от семейных дел и заводит роман с Инной Купцовой. Екатерина, узнав об измене, старается справиться с внутренней болью, но продолжают появляться новые испытания.
Одним из центральных событий становится смерть Яны Дроновой — девушки, с которой встречался Игорь. Яну сбила машина, и следователь Игнатова устанавливает, что автомобиль, участвовавший в преступлении, принадлежит семье Бажовых. Следствие принимает неожиданный поворот: выясняется, что целью покушения была не Яна, а сама Екатерина. Под подозрение попадают как Алексей, так и его любовница Инна, которая начинает плести опасные интриги.
На протяжении сериала отношения между членами семьи Бажовых продолжают ухудшаться. Екатерина, переживая за будущее своего брака, признается сыну, что Алексей изменял ей, что еще больше обостряет отношения в семье. В то же время Игорь сближается с сестрой погибшей Яны — Жанной, с которой у него было общее прошлое, еще до появления Яны в его жизни.
Вскоре Инна начинает манипулировать людьми, пытаясь занять место Екатерины в семье Алексея. Она шантажирует его, угрожая раскрыть компрометирующие записи их разговоров следователю. Алексей, осознав истинные мотивы Инны, пытается вернуть доверие жены. Между тем, Инна не останавливается и продолжает плести интриги, уверяя Алексея в неверности Екатерины и подбрасывая ему информацию о том, что его жена хотела сделать аборт.
Однако события принимают драматический оборот, когда Алексей становится жертвой нападения Юрия Дронова, отца Яны и Жанны, которого Инна убедила в том, что семья Бажовых виновна в гибели его дочери. Алексей получает ножевое ранение и оказывается в больнице в критическом состоянии. В этот момент Катя осознает, что, несмотря на все трудности, она не готова потерять мужа, и прощает его за измену.
В финале сериала Инна разоблачена, когда следователь Игнатова находит улики, связывающие ее с преступлением. Игорь хитростью выводит на чистую воду Юрия, и тот дает показания против Инны. Преступники арестованы, а семья Бажовых находит путь к примирению. В заключительных сценах Екатерину выписывают из роддома, где ее встречают близкие: Алексей, Игорь, Жанна и их маленький новорожденный ребенок.
