Сюжет сериала «Змеиный полдень» вращается вокруг судьбы Варвары, женщины, чья жизнь кардинально меняется после развода. Она переезжает в Москву, чтобы сосредоточиться на воспитании сына Саши и своей карьере. Однако судьба вновь ставит перед ней сложные испытания. Познакомившись с немцем, который делает ей предложение руки и сердца, Варя планирует переезд за границу. Но планы срываются, когда отец Саши отказывается дать согласие на вывоз ребенка.
В это время исчезает Яна, падчерица нового мужа Вари. Подозрения падают на Сашу, поскольку его видели с девочкой в последний раз. Ситуация осложняется, когда мать Яны обвиняет Варю, считая, что её сын может быть замешан в преступлении. Вскоре раскрывается страшная правда: Саша — не родной сын бывшего мужа Вари, а ребенок, рожденный в результате насилия, которое она пережила в молодости.
Этот факт становится шоком не только для Саши, но и для всей семьи. Парень, узнав о своем происхождении, пытается сбежать, но Варя находит его на крыше и успокаивает, объясняя, что, несмотря на все обстоятельства, она никогда не пожалела, что родила его.
По мере того, как события разворачиваются, становится ясно, что похитителем Яны был не Саша, а его близкий родственник. Под гипнозом Варя вспоминает, что у человека, совершившего над ней насилие, была татуировка «ВДВ 1999», что наводит её на мысль о брате Светланы, Антоне. Антон и его друг Максим когда-то занимались криминальными делами, и Максим взял на себя вину за одно из преступлений, рассчитывая на помощь Антона. Однако Антон его предал.
Максим, разозлившись на Антона, решает похитить его племянницу Яну, но его план проваливается. Он рассказывает Варе, что Светлана, бывшая подруга Варвары, предложила ему 300 долларов, чтобы он изуродовал её. Однако Максим не смог выполнить задание, пощадив Варю.
Финал сериала заканчивается на оптимистичной ноте. С Саши снимают все обвинения, Яна выздоравливает, и Кирилл делает Варе предложение, которое она после долгих раздумий принимает. Семья отправляется в Москву, чтобы начать новую жизнь, а Саша обещает вернуться за Яной на новогодние каникулы.
